給与が支払われていない月について、欠勤控除のみされている。

ご相談者：40代/女性

欠勤控除について、再度確認させて下さい。
６月末日で退職。５月、６月と欠勤がありました。辞めた会社は、給与の支払いは末日締めの当月２５日払いです。そのため、残業代や欠勤分の清算は翌月の給与に反映される形でした。
２か月分の保険料が６月の給与から引かれるのと、５月の欠勤分が引かれるのはわかります。
会社側から、欠勤控除分の支払い請求書には６月の欠勤分の含まれていました。
ですが、実際６月２５日に給与は口座に振り込まれていませんでした。（全くのゼロです）
過払い分について、返還の義務がある、というのは聞いたことがあるのですが、実際６月分の給与が支払われていないのに、マイナス分の請求があるというのは、正しいのでしょうか？
計算上はそれでつじつまが合う、というのはなんとなくわかるのですが、もらっていないのに払うというのがどうにも釈然としないのです。
私は法律関係に疎いのでわからないのですが、この場合、５月の欠勤分と２か月分の保険料を控除した金額がまず給与として支払われてから、６月の欠勤控除分の請求が来るものと思ったのですが・・・。
会社側は辞める時に面倒なのでまとめてあとで清算しますから、と言っていましたがこれで問題ないのでしょうか？
会社に書面で問い合わせるつもりでいますが、どのように書いて問い合わせるのが良いのでしょうか？
たびたび申し訳ありませんが、回答よろしくお願いいたします。

40代/女性 | 日付：2008年7月 5日(土) 14:06 JST | 閲覧件数: 5,268